作为《末日免疫：猩红病毒》正统续作，林野、苏晴小队在秦岭方舟稳住阵脚后，太平洋海岸的诡异金属片与“火焰异能畸变体”的突袭，将他们引向深海中的第二方舟“亚特兰蒂斯”。卡戎病毒二代“厄瑞玻斯”现世，免疫者觉醒控火、控水等异能的同时，也面临基因反噬成半畸变体的危机；死者更会进化为保留生前能力的“影刃畸变体”“异能畸变体”，终极“深渊畸变体”竟由艾伦尸体改造而成。亚特兰蒂斯基地内，基因等级制下的保皇派、叛乱派、观望派互相算计，人人皆为棋子。林野既要破解“地热核心激活全球病毒扩散”的阴谋，又要应对队友觉醒异能后的异化，还要在深海人心迷局中找出真正的敌人。当二代病毒解药需以异能者牺牲为代价，当卧底与背叛者潜伏四周，这场深海方舟的暗战，比秦岭的猩红末日更凶险——他们不仅要终结病毒，更要在人性深渊中守住自己。

20世纪末，科林特制药公司的“卡戎”基因病毒意外泄漏，猩红斑点席卷全球，半数人类异化为嗜血畸变体，仅15%的“免疫者”幸免于难。机械系实习生林野，在病毒爆发当晚目睹实验室惨剧，侥幸逃出后，不仅要在遍地畸变体的废墟中求生，还要躲避制药公司对免疫者的疯狂追捕——他们要的不是治愈病毒，而是收割免疫者基因，启动“人类筛选计划”。半块刻着“方舟”的金属牌，姐姐临终前的诡异遗言，觉醒的“基因共振”能力，将林野推向一场更大的阴谋。从地下幸存者营地到秦岭深处的方舟基地，从与同类的猜忌决裂到与前特种兵苏晴的生死同盟，林野逐渐揭开病毒泄漏的真相：所谓“方舟”，竟是毁灭旧世界的起点。当“净化程序”倒计时开启，他必须用自己的免疫基因，对抗整个制药帝国的疯狂。本书为“末日免疫”系列第一部，亦是初次尝试科幻末世题材的作品，后续将揭开全球其余方舟基地的秘密。